Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX7
Ідентифікатори
Символи
SOX7 , SRY-box 7, SRY-box transcription factor 7
Зовнішні ІД
OMIM : 612202 MGI: 98369 HomoloGene: 7949 GeneCards: SOX7
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• цитоплазма • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес
• regulation of canonical Wnt signaling pathway • positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • endoderm formation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин
Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 8: 10.72 – 10.73 Mb
Хр. 14: 64.18 – 64.19 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
SOX7 (англ. SRY-box 7 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 8-й хромосомі.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 388 амінокислот , а молекулярна маса — 42 197[ 4] .
Послідовність амінокислот
10
20
30
40
50
MASLLGAYPW
PEGLECPALD
AELSDGQSPP
AVPRPPGDKG
SESRIRRPMN
AFMVWAKDER
KRLAVQNPDL
HNAELSKMLG
KSWKALTLSQ
KRPYVDEAER
LRLQHMQDYP
NYKYRPRRKK
QAKRLCKRVD
PGFLLSSLSR
DQNALPEKRS
GSRGALGEKE
DRGEYSPGTA
LPSLRGCYHE
GPAGGGGGGT
PSSVDTYPYG
LPTPPEMSPL
DVLEPEQTFF
SSPCQEEHGH
PRRIPHLPGH
PYSPEYAPSP
LHCSHPLGSL
ALGQSPGVSM
MSPVPGCPPS
PAYYSPATYH
PLHSNLQAHL
GQLSPPPEHP
GFDALDQLSQ
VELLGDMDRN
EFDQYLNTPG
HPDSATGAMA
LSGHVPVSQV
TPTGPTETSL
ISVLADATAT
YYNSYSVS
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції , альтернативний сплайсинг .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у цитоплазмі , ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші