Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX3
Ідентифікатори
Символи
SOX3 , GHDX, MRGH, PHP, PHPX, SOXB, SRY-box 3, SRY-box transcription factor 3
Зовнішні ІД
OMIM : 313430 MGI: 98365 HomoloGene: 4118 GeneCards: SOX3
Пов'язані генетичні захворювання
isolated growth hormone deficiency [ 1]
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес
• multicellular organism development • sensory organ development • central nervous system development • face development • pituitary gland development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of neuron differentiation • transcription, DNA-templated • hypothalamus development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Детермінація статі • negative regulation of nucleic acid-templated transcription • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин • neuron differentiation
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. X: 140.5 – 140.51 Mb
Хр. X: 59.93 – 59.94 Mb
PubMed search
[ 2]
[ 3] Вікідані
SOX3 (англ. SRY-box 3 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.[ 4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 446 амінокислот , а молекулярна маса — 45 210[ 5] .
Послідовність амінокислот
10
20
30
40
50
MRPVRENSSG
ARSPRVPADL
ARSILISLPF
PPDSLAHRPP
SSAPTESQGL
FTVAAPAPGA
PSPPATLAHL
LPAPAMYSLL
ETELKNPVGT
PTQAAGTGGP
AAPGGAGKSS
ANAAGGANSG
GGSSGGASGG
GGGTDQDRVK
RPMNAFMVWS
RGQRRKMALE
NPKMHNSEIS
KRLGADWKLL
TDAEKRPFID
EAKRLRAVHM
KEYPDYKYRP
RRKTKTLLKK
DKYSLPSGLL
PPGAAAAAAA
AAAAAAAASS
PVGVGQRLDT
YTHVNGWANG
AYSLVQEQLG
YAQPPSMSSP
PPPPALPPMH
RYDMAGLQYS
PMMPPGAQSY
MNVAAAAAAA
SGYGGMAPSA
TAAAAAAYGQ
QPATAAAAAA
AAAAMSLGPM
GSVVKSEPSS
PPPAIASHSQ
RACLGDLRDM
ISMYLPPGGD
AADAASPLPG
GRLHGVHQHY
QGAGTAVNGT
VPLTHI
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
Stevanovic M., Lovell-Badge R., Collignon J., Goodfellow P.N. (1993). SOX3 is an X-linked gene related to SRY. Hum. Mol. Genet . 2 : 2013— 2018. PMID 8111369 doi :10.1093/hmg/2.12.2013
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121— 2127. 2004. PMID 15489334 doi :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші