Клуб «Райо Махадаонда» був заснований у 1976 році і одразу ж був зареєстрований у Федерації футболу Мадрида. Він грав у регіональних дивізіонах до 1987 року, коли вийшов до Терсери[2].
Клуб закріпився в четвертому дивізіоні до сезону 1996/97 років, коли він досяг першого в історії підвищення до Сегунди Б. Після цього було два вильоти поспіль, але клуб одразу повернувся до Терсери у 2000 році. Згодом клуб залишався у четвертому дивізіоні до 2015 року, провівши лише один сезон 2003/04 у Сегунді Б, коли він досяг підвищення з легендою клубу Антоніо Іріондо на посаді тренера.
27 травня 2018 року «Райо Махадаонда» вперше в історії вийшла до Сегунди, перемігши «Картахену» у поєдинку-відповіді півфіналу чемпіонського плей-оф завдяки автоголу на останніх секундах матчу[3]. Через рік, після вильоту, Іріондо пішов у відставку[4]. У другому дивізіоні клуб грав свої домашні ігри на арені «Ванда Метрополітано», домашньому стадіоні «Атлетіко Мадрид» через недостатню кількість сидячих місць на «Естадіо Серро дель Еспіно»[5].
Згідно з умовами гри в повністю професійному другому дивізіоні, клуб «Райо Махадаонда» мав рік, щоб створити Sociedad Anónima Deportiva, форму відкритого товариства з обмеженою відповідальністю. Початковим мажоритарним акціонером у вересні 2019 року став Алехандро Аррібас, вихованець клубу, який на той час ще професійно грав за «Реал Ов'єдо»[6].
Також у вересні 2019 року новим президентом клубу став Хосе Марія Санс.[7].
Клуб має сильну академію, через яку пройшла низка відомих гравців. Зокрема у школі клубу навчались майбутні французькі збірники і брати Лукас і Тео Ернандеси, гравці збірної Іспанії Маркос Льоренте та Родрі, а також гравець збірної Іспанії та Марокко Мунір[8].
